L’origine di questo ossario risale al XVI secolo quando la città fu flagellata da tre rivolte popolari, tre carestie tre terremoti, cinque eruzioni del Vesuvio e tre epidemie e, essendo il luogo isolato, fu qui che vennero raccolti i cadaveri delle vittime. Micidiale fu la pestilenza del 1656, per cui i muri che chiudevano le cave furono di nuovo abbattuti e le stesse cave, secondo alcuni, accolsero 250.000 cadaveri su una popolazione 400.000 abitanti e, secondo altri, addirittura 300.000. L’architetto Carlo Praus racconta che nel 1764, “epoca memoranda di una esterminatrice carestia”, il Cimitero delle Fontanelle fu destinato dal Comitato di Pubblica Sanità a seppellire le salme della bassa popolazione, che non trovavano posto nelle pubbliche sepolture delle chiese all’interno della Città. Ed ancora il Praus, a seguito dell’editto di Saint-Cloud del giugno 1804, presenta nel 1810 un progetto per la costruzione di un vasto camposanto mediante l’ampliamento dell’antica necropoli delle Fontanelle.
Nel 1837, per provvedimento del Consiglio Sanitario, in seguito all’invasione del “colera morbu”, furono portati in questo cimitero altre salme. Nello stesso anno, essendo stato ordinato di togliere gli ossami da tutti i cimiteri delle parrocchie e delle confraternite e di portarli nell’Ossario delle Fontanelle, un gran numero di carri, scortati da confratelli e guardie, trasportarono in queste grotte cataste di resti mortali. Il cimitero rimase abbandonato fino al 1872, quando il parroco della chiesa di Materdei, Don Gaetano Barbati, con l’aiuto di popolane mise in ordine le ossa nello stato in cui ancora oggi si vedono e tutte anonime, ad eccezione di due scheletri: quello di Filippo Carafa Conte di Cerreto dei Duchi di Maddaloni, morto il 17 luglio 1797 e di Donna Margherita Petrucci nata Azzoni morta il 5 ottobre 1795; entrambi riposano in bare protetti da vetri.
Cumuli di teschi, croci di ossa, tombe scoperte con scheletri scomposti.
Varcato il luogo sacro, si entra nella necropoli dove si contano almeno 40.000 resti, dei quali molti hanno un significato per i fedeli che lì andavano a pregare. E’ il culto delle “Anime Pezzentelle”, defuniti adottati dalle devote per ricevere in cambio per la loro cura alcune grazie come vincite al lotto o benedizioni per qualsiasi altra natura.
Oggi, è insieme un luogo di culto e di macabro fascino, in cui si concentrano anche molte leggende e racconti di miracoli